肝内胆管结石治疗的费用有时很难判断。简单的肝内胆管结石有时通过一次手术治疗即可达到临床治愈，整体的花费大概在1万元。而复杂的肝内胆管结石不仅可以造成胆管狭窄和胆管扩张，还容易造成肝脏萎缩，甚至引起胆管细胞性肝癌。

对于弥漫性肝内胆管结石有时一次手术处理无法治愈，还需要通过多次手术才能达到较好的临床缓解。因此总体的花费可能达到3万-5万元，甚至更高。如果肝内胆管结石合并胆管炎，尤其是急性梗阻性化脓性胆管炎时，会造成全身多器官功能不全，治疗的费用也会出现明显地增加。对于老年患者有可能需要在重症监护室观察一段时间，总体的花费甚至达到10万元以上。