松果体一般位于间脑的顶部，四叠体上方以及三脑室顶部，临床上又称之为脑上腺。松果体凭借细柄与三脑室相连，同时三脑室容易形成松果体隐窝。在松果体表面经常覆盖着由软脑膜连续而来的结缔组织，结缔组织深入到松果体的实质内，将松果体实质分为不规则的小叶。

临床上松果体小叶往往由细胞、神经胶质细胞和神经纤维组成，对于松果体而言其供应血管的血液较为丰富，而松果体神经则来自于外周神经纤维，包括交感和副交感神经。