鼻咽癌起源于鼻咽黏膜上皮，光镜和超微结构中被证实有鳞状上皮分化，肉眼形态可分为4种类型：结节型、菜花型、溃疡型和黏膜下浸润型，通常结节型最为常见。

组织学分型采用鼻咽癌世界卫生组织分类2003版标准，分为角化型鳞状细胞癌、非角化型鳞状细胞癌和基底细胞样鳞状细胞癌。其他类型鼻咽癌包括腺癌、腺样囊性癌、黏膜表皮样癌以及恶性多形性腺瘤。