在窗口期如果检测艾滋病可能会出现假阴性，因为在窗口期机体内可能还没有产生相应检测的标志物，因此想通过这些标志物去检测患者是否感染艾滋病可能会存在误差，所以检测艾滋病应当避开窗口期。一般HIV的窗口期与检测方法有很大的差别，例如通过HIV-RNA检测，在感染HIV之后的1周左右，就能够在患者的血液当中检测到病毒。

而如果通过HIV的抗原、抗体去检测，在感染HIV之后2-6周左右就能够在患者的血液当中检测到。如果是单纯的HIV抗体检测，在感染HIV之后的3左右才能够在血液当中检测到抗体。