马应龙麝香痔疮膏可以治疗肛裂，但仅限于用来治疗早期肛裂。因为早期肛裂，病程短，裂口新鲜，底浅且没有瘢痕，经一些消肿生肌的药物治疗可得到治愈。而马应龙麝香痔疮膏正好具有消肿、生肌、去腐的作用，可以促进肛裂裂口的愈合。

陈旧性肛裂，溃疡面已经纤维结缔组织化，裂口周边有瘢痕，底深呈苍白色。此时涂抹马应龙麝香痔疮膏药物已经不能被肛裂溃疡面所吸收，也就起不到促进裂口愈合的作用。

应给予注意的是马应龙膏中含有麝香成分，所以妊娠妇女患有肛裂疾病时及女性月经期禁止应用。肛裂术后创面换药时，可以应用马应龙麝香痔疮膏，起到促进创面愈合的作用。