肛门长肉疙瘩很痛的原因有以下几种：

1、脱肛，又称直肠脱垂，肛管、直肠黏膜或直肠、部分乙状结肠向下移位，脱出肛门外的疾病。

2、肠息肉，这是直肠常见的良性肿物，会发病于直肠端，大便时可脱出于肛门外，便后回缩。

3、痔疮，因为内痔脱出、外痔等都会在肛门口发现肉状的东西，不及时手术就会从良性变成恶性，导致直肠变窄，然后引起便秘。

4、直肠平滑肌肉瘤，由异性的平滑肌细胞增生而成，多位于直肠下段。

5、直肠恶变，直肠恶变的便血情况常与痔疮、息肉等相同。如果出现肛门口长肉疙瘩很痛，一定要及时去医院进行检查，查明病因后再对症治疗。