鱼腥草的副作用有胃肠不适、加重脾胃虚寒、加重痛经，以及过敏反应、损害肾功能等，建议患者在医生指导下用药，以免自行盲目用药对身体产生不良影响，反而起不到相应的药物治疗作用。
1、胃肠不适：鱼腥草毒性小，如果口服用药后嘴中有鱼腥臭味，影响患者的食欲，导致胃口不佳。鱼腥草不易消化，还可能导致腹胀、腹痛、腹泻等。
2、加重脾胃虚寒：鱼腥草性质寒凉，脾胃虚寒的人食用鱼腥草可能容易出现腹痛、腹泻等不适。如果长期吃鱼腥草，则脾胃虚寒证会越来越严重。
3、加重痛经：鱼腥草性寒，如果在月经前、月经期吃，会影响体内阴阳平衡，阴气亢盛而容易加重痛经，并有手足发凉、腹部冷痛等。
4、过敏反应：过敏体质的人食用后有引起过敏的可能，可导致患者出现药物引起的皮炎、末梢神经炎，甚至过敏性紫癜、过敏性休克。
5、损害肾功能：鱼腥草含有一定毒性，本身含有马兜铃内酰胺，这种物质长时间食用会对肾脏造成不可逆的损伤，使肾功能下降，肌酐和尿素氮上升。
除上述副作用之外，如果肌注含有鱼腥草成分的药物，可能导致中毒反应。且鱼腥草对阴道黏膜有一定刺激性，需避免直接接触到阴道。