有机磷农药中毒的并发症分急性并发症和慢性并发症，急性期患者会出现严重的肺水肿、支气管痉挛、心律失常，还会出现全身肌肉强直性痉挛、呼吸衰竭、心脏衰竭，以及急性肝脏、肾脏功能不全。

对于有机磷中毒的慢性并发症，包括中枢系统功能失调，如抽搐、昏迷，严重时还会出现迟发性神经系统疾病，患者会出现下肢瘫痪、四肢肌肉萎缩、视力下降、慢性心律失常，以及慢性肝脏、肾脏功能不全，还有胃肠道出血、消化系统溃疡，都属于有机磷农药中毒的并发症。