免疫功能六项通常包括免疫球蛋白A、免疫球蛋白G、免疫球蛋白M、补体C3、补体C4、类风湿因子、C反应蛋白，如果数值检测异常，可以查出自身免疫性疾病，如先天性免疫缺陷病、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、慢性肝病等。因为免疫球蛋白和补体数值正常通常提示免疫力正常，出现异常可判断体内是否存在异常免疫应答的情况。
免疫球蛋白G为人体含量最多和主要的免疫球蛋白，占总免疫球蛋白的70%-80%，属于再次免疫应答抗体，对病毒、细菌和寄生虫等都有抗体活性。如果免疫球蛋白G、免疫球蛋白A以及免疫球蛋白M升高，同时伴有补体C3、补体C4降低，说明患者体内B细胞以及浆细胞异常增殖，产生大量的免疫球蛋白，提示患者可能存在自身免疫性疾病。
因为当患者患有自身免疫功能紊乱的疾病，补体C3和补体C4在体内发生异常免疫应答，出现异常的抗原抗体间反应，这种免疫反应会对体内的补体进行消耗，补体随之下降。此外，如果同时检测到的C反应蛋白或类风湿因子升高，说明患有自身免疫性疾病的可能性更大。
如果免疫六项中免疫球蛋白G、免疫球蛋白A、免疫球蛋白M明显降低，提示也可能是免疫缺陷性疾病，如先天性免疫缺陷病、重链病、轻链病、肾病综合征、感染等。患者经过免疫抑制治疗之后，如糖皮质激素或免疫抑制剂治疗，体内的免疫球蛋白A和免疫球蛋白M也会明显下降。