新生儿房间隔缺损3mm可以自愈，自愈时间通常在一岁半以内，房间隔缺损3-8mm在一岁半以内也有较小几率愈合的可能，但房间隔缺损＞8mm基本无法自愈。房间隔缺损在3mm以内的儿童只需要定期复查超声，3mm以上就要在复查超声的基础上制定个体化治疗方案，在改善心功能的情况下选择合适的手术治疗时机。

通常手术可以选择介入治疗和开胸手术治疗两种，对于年龄稍大的儿童，如果缺损位置合适可以进行介入治疗，创伤较小，而且效果比较确切。对于不适合介入者，或反复肺炎，反复心衰者，需要进行手术治疗，婴幼儿或儿童可选用腋下小切口直视手术，创伤也较小。