小脑扁桃体下疝合并脊髓空洞症的治疗方法，主要是手术治疗。小脑扁桃体下疝合并脊髓空洞症，在临床上相对来说是比较常见的一种复杂颅底畸形，主要多见于脊柱神经外科。

手术治疗方式主要包括后颅窝减压手术、硬脑膜扩大减张缝合手术，必要的时候还要做脑积水以及脊髓空洞症的内引流手术。一般来说，像这种疾病早期发现早期诊断早期手术治疗效果比较理想。所有的手术都不能够彻底的治愈这种疾病，只能够延缓病情逐渐加重，阻止病情进一步发展。如果没有尽早手术，可能预后不佳。