脑脓肿手术切除最好时期是在脑脓肿成熟后，患者生命体征均正常，体温不太高，没有明显头痛，患者各项指标都很正常的时候可以切除脑脓肿，因为脑脓肿在比较局限时切除最为合适。

脑脓肿患者往往合并其它部位感染，要控制其它部位感染后才能切除脑脓肿。比如合并中耳炎的患者，应当在中耳炎得到一定处理后再切除脑脓肿，如果中耳炎不进行处理，脑脓肿切除术后可能会发生第二次脑脓肿，所以一定要去除感染后再切除脑脓肿。