高位复杂性肛瘘成因很多，具体情况如下：

1、肛周脓肿迁延不愈，反复发作而引起。引起肛周脓肿原因包括用力排便，粪便通过肛窦进入肠道中引起局部感染，发展成脓肿，迁延不愈最后形成肛瘘；

2、肛门周围炎症，如直肠炎、溃疡性直肠炎等刺激所引起。肛瘘为肛周脓肿后遗症，肛周脓肿为肛瘘急性期，两者相辅相成、互相关联。