肛瘘有时会引起肛门周围肿胀，如果症状比较明显应当积极的给予药物治疗快速的消肿。常见的药物一般可以应用改善微循环的药物，比如地奥司明片还有消脱止，也可以口服迈之灵300mg，2次/天起到抑制组胺和自由基产生，然后改善微循环，可以使肛周窦道组织快速消肿。

也可以应用熏洗治疗，可以应用中药熏洗剂比如五倍子汤、苦参汤或者止痛如神汤，一般药物加水煮沸先熏后洗，或者直接用药液进行局部的热敷，也可以起到快速消肿的作用。有时还可以应用荆芥熏洗剂，它可以起到活血化瘀、收敛、消肿的作用。