小孩肛周脓肿，随着自身免疫力的增高，以及母乳喂养，在炎症早期又得到有效的控制，自行用药物保守治疗，脓肿消退后，有可能后期不再发生。

随着年龄增加，雄性激素水平下降，肛窦活动渐渐变少，外加大便顺畅，有可能再也不发生肛周脓肿或者肛瘘。但现在研究发现有少部分患儿，随着身体长大，免疫力慢慢增强，有可能治愈，不再发作。