肛管直肠炎一般采取保守治疗，如患者程度不是很严重，可予以痔疮栓或美沙拉秦栓，使其回家规律用药；

如程度较重，可进行灌肠治疗，常用的有复方黄柏液或康复新液，首先令患者排空直肠，先采取平卧位，再灌入药液100ml左右，使其保留住，勿排出来，一段时间后再轮换体位，左侧位、右侧位、俯卧位，使其整个肠道均进行药液的浸润，药液在肠道内至少待1-2个小时，效果较好。

此外，肛管直肠炎的患者，如工作较忙，可以早上塞栓，晚上回家再进行灌肠治疗，痔疮栓和灌肠的配合治疗，其效果可能更好。