肛瘘微创手术的方法如下：

1、肛瘘栓：即使用猪小肠上皮制成的栓剂缝合内口，可完整保护括约肌，但费用较为昂贵，术后复发率较高，成功率约为46%，目前应用范围较小；

2、蛋白粘堵：通过蛋白胶粘堵瘘管存在一定的难度，成功率相对较低，目前仍处于研究阶段；

3、经括约肌间瘘管结扎术：广泛应用于欧美国家，国内也有一定范围的应用，存在复发的可能性；

4、黏膜瓣推移：婴幼儿肛瘘患者进行该项治疗，可保留括约肌；

5、其他方法：如镭射激光切除管道、肛瘘镜等。