低位肛瘘包括复杂性和单纯性，手术方式主要是切开或切除，具体如下：

1、低位单纯性肛瘘：从外口插入探针沿着瘘管找到内口，沿探针切开，瘘管里面的坏死组织用刮尺，内口里的肛窦感染可用电刀切除；

2、复杂性低位肛瘘：有多条瘘管，每条瘘管均可以做切除处理，也可以选择挂线治疗，从外口插入探针，从内扣出来，用探针引进橡皮筋，把外段部分瘘管切断，切口到内口括约肌部位，用橡皮勒紧，可以使结扎线组织缺血，最终脱落，但疼痛感比切开严重。