牙菌斑会造成牙龈萎缩，牙菌斑是引发牙周病的始动因子，会导致牙龈周围出现慢性的炎症，牙槽骨的吸收和牙龈的萎缩，从而会引起牙龈红肿出血、牙根暴露、牙齿逐渐松动等一系列的临床现象。对于牙周炎导致牙龈萎缩的患者，临床治疗上首要任务就是清除牙菌斑、控制口内牙菌斑的数量，主要的治疗方法包括超声洁治、牙周刮治、牙周冲洗上药等一系列的治疗方法。

如果牙菌斑没有控制住，那么牙周病就会越来越严重，使得牙龈萎缩会逐渐加重，也有一部分人的牙龈萎缩是由于局部的咬合创伤所引起，这种情况下解除咬合创伤之后，牙龈萎缩的问题就会停止。