疱疹性咽峡炎主要以病毒性侵害为主，而扁桃体炎主要是因为细菌性侵害为主。出现的部位也不尽相同，疱疹性咽峡炎比较多见的是局部滤泡样的症状，多在咽峡部；而化脓性扁桃体炎，主要在扁桃体部位出现充血、水肿的状态，可能也多少会伴随有咽腔黏膜的充血、水肿状态。

在治疗方案上，疱疹性咽峡炎主要以抗炎、抗病毒治疗为主；而扁桃体炎主要以抗生素治疗为主。其发病的机理以及出现的部位、症状都是不同的。