扁桃体结石如果通过患者自己反复的漱口，不能去掉，临床上建议去医院由医生进行清理。一般来说大致是这样的过程，医生可以用吸引器，或者小镊子将扁桃体结石从隐窝里给剥离出来，这种比较适用于扁桃体结石露出来的，不是特别大的。

如果扁桃体结石比较大，或者埋的比较深，临床上可以做局部黏膜的麻醉，用小刀片将黏膜适当的切开，取出结石。这种过程一定要注意取出的时候，避免结石掉入气管内，形成气管异物。个别患者如果结石通过这种办法还不能处理，临床上可以做手术切除扁桃体，根治扁桃体结石。