由于扁桃体结石多数是由扁桃体自身反复炎症，或不注意口腔卫生导致的，可以采取保守治疗的方法，比如扁桃体自身的按摩、隐窝灌洗，同时使用漱口液漱口，在餐后、睡前刷牙等，但是远期的治疗效果都不是特别的理想。而行扁桃体切除是唯一的根治方法，因为这些结石有可能是扁桃体内存在脓栓，积聚一段时间后从扁桃体内部排泄出来的。
而反复发作的扁桃体炎，对于身体的坏处是非常大的，容易引起周围的组织、器官病变，也有可能会导致一些全身性疾病，比如肾炎、皮肤病等。特别对于成年人，扁桃体的免疫作用已经不是特别的明显，如果反复的发生炎症，对身体的坏处是相当大的，建议行扁桃体的切除手术。
