阴茎隐隐作痛，可能的原因：

第一、包皮龟头的疾病，如包皮过长，存在有较多的包皮垢，或者有慢性的龟头炎等，都可能造成阴茎隐隐作痛。同时，外观上可见包皮或者龟头内分泌物增多，或者局部污垢较多，或者伴有轻微的红肿，或者皮肤发红等改变，建议到医院进一步检查后确诊。

第二、如果有慢性的尿道炎，也可以出现阴茎隐隐作痛。还可能伴有尿频、尿急、排尿疼痛的症状，或者伴有尿道的烧灼、瘙痒等，需要进行相关病原学的检测确诊。

第三、如果存在有阴茎海绵体的硬化，也可以造成阴茎隐隐作痛。疼痛于阴茎勃起后明显加重，并且触诊时可以摸到海绵体内存在有质地较硬的结节。需要进行阴茎海绵体的彩色多普勒超声检查，进一步明确有无海绵体的相关病变。