治疗碘甲亢首先必须停止摄取含碘高的食物以及含碘药物，如胺碘酮，然后进行观察，约一半患者经停碘摄入后就可以治愈。如症状不缓解者，可以加用抗甲状腺药物治疗，或者单用β受体阻滞剂控制症状。

抗甲状腺药物包括丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑，剂量同一般甲亢，用药时间较一般甲亢时间短。碘甲亢患者不宜行放射性碘131治疗，碘甲亢一般预后良好，停药后一般不会复发。