临床上治疗乙肝的方法，根本上就是抗乙肝病毒治疗方法。目前有两大类治疗方法：1、口服核苷类似物疗法；2、注射干扰素类疗法。

口服核苷类似物药物有六种：拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定、替诺福韦、丙酚替诺福韦，受到药物可及性和价格因素的影响，应用恩替卡韦治疗的乙肝患者最为广泛。随着丙酚替诺福韦的上市，它以高效抗病毒、副作用少、肝癌发生率低、至今保持零耐药而备受青睐。注射干扰素疗法分为普通干扰素和聚乙二醇干扰素，普通干扰素由于疗效低、副作用多而逐渐被淘汰。聚乙二醇干扰素尽管副作用多，但其疗程短、转阴率高仍被广泛采纳。