有很多原因可以引起多发性肺结节，不一定都是恶性。长期吸烟以及接触粉尘的人群，包括石匠、煤矿工人等。长期吸入含有二氧化硅的粉尘，在肺部容易形成硅肺结节，结节多为良性。多发性肺结节常见于既往患有肺结核的患者，如果经过规范化抗结核治疗后病灶吸收不完全，在肺部易形成增殖性结节改变，病灶不容易消失而形成多发性肺结节，这种结节多为良性。

有些自身免疫性疾病，包括系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎，出现肺部损害时也容易形成多发性肺结节。此时的结节多为肉芽肿改变，属于良性结节。少数肺泡细胞癌的患者在肺部容易形成多发性结节，此时的结节为恶性结节，需要尽早给予胸部增强CT、PET-CT检查。必要时给予纤维支气管镜、肺泡灌洗液查找肿瘤细胞，避免漏诊和误诊。