生殖器的毛囊炎治疗主要是抗细菌治疗，感染的微生物为细菌，细菌治疗可以口服抗生素以及外用抗炎的药物。

口服的抗生素建议选用四环素类或者红霉素类的抗生素，四环素类抗生素可以选用米诺环素或者多西环素，红霉素类的抗生素可以选用罗红霉素或者克拉霉素。

外用药物可以应用红霉素眼膏、莫匹罗星乳膏或者夫西地酸乳膏，选用1-2种。如果选用1种，建议每日早晚各抹一次。如果选用2种，建议交替外用，一种早上抹一次，另外一种晚上抹一次，交替错开，不要混合应用。

毛囊炎反复出现，需要完善血糖的检查，排除糖尿病，糖尿病人容易反复的出现毛囊炎。