子宫内膜异位症最常见的好发部位是位于卵巢，同时还有宫骶韧带、直肠子宫陷凹、子宫后壁下段及盆腔腹膜。当病灶位于卵巢时，通常可以见到大小不定的单发或者多发囊肿，位于一侧或者双侧的卵巢，这种囊肿由于内部含有陈旧的血液，又恰恰似巧克力状黏稠，故又称为卵巢巧克力囊肿。由于在月经周期，囊肿内的反复出血，易与盆腔周围的组织发生一些炎性的反应及纤维化粘连，故而也是引起患者不孕的原因之一。

当病灶位于阴道后穹窿时，常常会出现性交痛、触痛结节等各种临床表现。同时该种疾病在部分情况下极少的发生于直肠、膀胱、阑尾，甚至肺部都有可能。