胃肠镜检查通常较为简单，胃镜检查之前需要禁食八个小时，以保证胃里无食物，便于观察。

检测时通过一根橡胶软管，经过口腔及喉咙，然后经过食道、胃内，置入十二指肠，在软管前端安装有电子传感器及光源，相当于一台摄像机，放到人体胃和食管里面，把里边的图像传到电子屏幕上，医生能够观察到胃内的情况。

肠镜检查同样需使用软管，经过肛门插入肠道内，经过弯曲的肠道到达盲肠，并进行观察。肠镜检查前八个小时要使用泻药以清洁肠道，保证肠腔的洁净。