卵巢囊肿和多囊首先是形态上的区别，囊肿常常是单个囊肿，而多囊是指双侧卵巢有12个以上的卵泡，并且每个卵泡都不会发育成熟，两种都是病理状态。卵巢囊肿建议可以做手术治疗，而多囊卵巢绝大部分不用做手术治疗。

如果雄性激素高，可以给予降雄性激素治疗。两者在临床上引起的症状也不相同，绝大部分卵巢囊肿没有任何症状，除非卵巢囊肿非常大，可以在下腹部摸到包块或者引起月经不正常。多囊卵巢主要会引起体重增加，月经周期延长或者停经，还有多毛现象。