慢性尿道炎使用抗感染药物，一般疗程比急性尿道炎更长，可能用药时间会达到4-6周以上，而且慢性尿道炎也不建议使用广谱抗生素进行长疗程的治疗，而是要进行尿液的细菌培养和药敏试验，根据药敏试验的结果来选择敏感的抗生素进行针对性的治疗，才能够防止出现细菌耐药性，甚至导致出现二重感染的情况。

慢性尿道炎大多是由急性尿道炎治疗不及时或治疗不规范、迁延不愈而形成，此外还要注意是否合并其他的泌尿生殖系统感染或尿路结石、尿路畸形以及妇科感染等导致的慢性尿道炎症迁延不愈的情况，还要同时进行合并疾病的治疗。