安尔碘和碘伏虽然都具有抗菌、消毒的功效，但也有所区别。碘伏是单质碘与聚乙烯吡咯烷酮的不定型结合物，碘伏浓度比较低，呈浅棕色，主要用于皮肤的消毒，而且在使用之后不需要脱碘，碘伏的毒性比较小，对黏膜没有明显的刺激，而且对消毒物品也没有腐蚀性。碘伏具有比较广谱的杀菌作用，在临床上使用的范围也比较广，可以用于杀菌消毒剂、皮肤黏膜的消毒、处理烫伤、治疗滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎和皮肤霉菌感染等。另外也可以用于手术前皮肤的消毒，以及各种注射部位皮肤的消毒。

安尔碘全称叫做安尔碘皮肤消毒剂，主要成分包括碘、醋酸氯己定、乙醇，主要用于注射、采血，以及手术部位及外科换药消毒。另外也可以用于口腔黏膜的消毒和外科手术前洗手的消毒，无需稀释，使用比较方便。还可以用于伤口换药以及体温表、瓶盖等表面的消毒，特别需要注意的是安尔碘对黏膜和伤口有一定的刺激性。除此之外，它里面含有酒精，对黏膜和伤口也有一定的刺激性。