幼儿川崎病最常见的后遗症就是影响到了冠状动脉，表现为冠状动脉闭塞、狭窄或者冠状动脉血栓形成，甚至冠状动脉动脉瘤破裂，可以导致心肌功能障碍，甚至会出现危及生命的情况，这种几率大约占25%。

在早期诊断川崎病以后，及时的应用阿司匹林或者免疫球蛋白治疗，可以减少后遗症的出现，提高患儿的预后。对于有川崎病的患儿，在青少年期应该定期评估心脏功能。