幼儿川崎病与具体病因至今不明，可能与遗传有一定的关系，遗传可能来自母亲也可能为父亲。

除此之外重要的是与细菌或者病毒感染有关系，另外经过研究，川崎病也与自身免疫性因素、药物、环境污染（化学物品刺激）等也有一定的关系。这种疾病男孩患病率要高于女性，冬末春初更容易得病。它是儿童心脏病的主要原因之一，不具有传染性。