隐匿性阴茎主要是以外观确诊，不像其它疾病，通过影像学检查，比如B超、抽血化验来诊断。

隐匿性阴茎主要的临床表现是阴茎外观短小，阴茎与皮肤不附着，外观呈鸟嘴状，圆锥状，用手指往后推阴茎皮肤可以显露阴茎正常形态，但是松手后阴茎形态会迅速回缩。有经验的小儿泌尿外科医生通过体检，可以很容易的做出是不是隐匿性阴茎的诊断。