赤茯苓和白茯苓的区别首先在于它们的颜色不一样，茯苓来源于多孔菌科真菌茯苓的菌核，将茯苓从横切面上切开以后，可以发现茯苓外皮呈黑褐色，称茯苓皮。茯苓皮内侧呈淡红色者，称为赤茯苓，内呈白色者为茯苓或称为白茯苓，这是它们第一个区别。

第二个区别在于它们的具体功效上，白茯苓的主要功效是利水渗湿、健脾安神，可以用来治疗水湿停聚、小便不利、水肿胀满等症状，经常可以与白术、泽泻、桂枝等药物同用。对于痰饮内停所引起的胸胁痞满，眩晕心悸或短气而咳等症状，白茯苓经常会与桂枝、白术、甘草等同用。而对于脾虚所引起的脾气虚弱、倦怠乏力、食少便溏者，白茯苓会与党参、白术、甘草等药物同用。白茯苓与党参、龙眼肉、酸枣仁等同用，对于心悸失眠证属心脾不足者有非常好的疗效。赤茯苓的疗效主要偏重于渗利湿热，可以用于小便短赤或淋漓不畅，但是它并没有健脾安神的功效。这是在功效上它和白茯苓的最大区别。