结石的临床症状主要是腰痛和血尿。临床上，不同位置的结石临床表现也是不相同的。根据结石所在的位置，泌尿系结石常常可以分为上尿路结石和下尿路结石。
上尿路结石包括输尿管结石、肾结石，而下尿路结石则包括膀胱结石和尿道结石。肾结石主要的临床症状是腰部的酸胀不适，偶尔有腰痛的表现，同时伴有活动后出现血尿的临床症状。而位于输尿管的结石，患者则会有急性肾绞痛的表现。患者可以表现为突发的一侧腰部及侧腹部的疼痛，疼痛呈刀绞样，非常剧烈，同时伴有大汗。有些患者还会伴有恶心、呕吐等消化道症状。另外，输尿管结石患者也可以出现血尿的症状。
下尿路结石中，膀胱结石主要表现为与排尿相关的临床症状，如尿频、尿急、排尿中断等，而位于尿道的结石，常常患者会出现明显的排尿困难和尿痛的症状。
