核磁共振主要是检查神经系统，如大脑、脊髓、腰椎，对于呼吸系统，如肺部，临床上极少推荐核磁共振检查，主要是显像不清晰。肺部一般是进行CT检查，如果有特殊的情况，如针对血管和神经，在极少数的情况下会进行核磁共振检查。有些医生可能不是特别了解，认为核磁共振收费比CT高，呈现的结果可能就更加清晰，这是一个误区。
因此，要是进行肺部疾病的检查，特别是炎症、肿瘤，一般是进行胸部CT检查，特别是高分辨的胸部CT，宝石CT，核磁共振是一个针对神经系统疾病的检查，比如脑出血、腰椎间盘突出等跟神经相关的这些疾病，可能更推荐核磁共振。核磁共振和胸部CT的成像机理不太一样，胸部CT是一种更精密的光衍射装备，核磁共振是用磁共振的装备。
