飞秒治疗近视，是属于手术，手术一般都会有术后并发症或者后遗症。但是飞秒手术在技术上是比较成熟的，相对安全，所以后遗症的发病几率较低，术后患者的满意度很高。
飞秒手术主要分为半飞秒和全飞秒两种术式，相对半飞秒手术的后遗症在临床上较多。例如手术后，可能存在有一定的屈光不正，或者伴有散光，或者手术后过矫或者是欠矫。
另外半飞秒激光手术，因为在手术中，需要对角膜进行切削，制作角膜瓣，在术后眼睛局部会出现充血，眼睛干涩、畏光、流泪等症状。
一般通过修复一段时间，或者是通过配戴有色眼镜进行遮光，防止强光刺激，在症状上都会有一定的缓解。
另外术后的炎症反应，因为角膜在修复过程中，可能会有一定的增殖，或者是瘢痕化，是比较常见的。
患者还有可能在夜间出现眩光反应，即看到光线是比较发散的，容易导致视疲劳。另外如果术后，导致感染，此时比较严重，可以导致严重的角膜炎以及前房反应，甚至形成角膜穿孔等。
