边缘型人格障碍的病因包括遗传因素、神经生化因素、亲子关系失调及创伤。
1、遗传因素：边缘型人格障碍的行为特征，具有攻击和冲动的特点，这类行为特征已证实与遗传相关。儿茶酚胺、单胺氧化酶A和神经肽活性的有关基因的多态性及等位基因变异与冲动攻击行为相关，但不排除环境因素的影响。
2、神经生化因素：边缘系统的γ-氨基丁酸能，谷氨酸能、胆碱能环路的过度反应可能介导情绪的不稳定。如研究表明冲动攻击行为，如自伤、自杀，主要与5-羟色胺在大脑内的代谢异常存在联系。
3、亲子关系失调：孩子幼年时不当的家庭或亲子关系对边缘型人格障碍的形成有着重要影响，父母教育态度的不一致，反复无常，好恶、奖罚没有定规和原则，使小孩生活在矛盾的牵制之中，无所适从，不能发展明确的自我同一性感觉，导致成年后自我概念紊乱，形成边缘型人格。
4、创伤：童年创伤是边缘型人格障碍患者中常见的现象，如父母的去世、受到忽视、遭受性及身体虐待以及其它创伤性事件。
