虹膜异色症的治疗原则是如果是因眼部炎症导致的，应积极抗炎及时治疗。对于先天性的虹膜异色症无较好的治疗措施。主要的治疗方法是药物治疗，常见药物：双氯芬酸钠、醋酸泼尼松龙、后马托品。
1、非甾体类抗炎药：如阿司匹林、双氯芬酸钠等，通过抑制环氧化酶的活性来抑制炎症因子的合成、释放，产生抗炎作用。有活动性胃肠道消化性溃疡和近期胃肠道出血者，有哮喘、过敏性鼻炎疾病史者，肾功能不全者，严重高血压和充血性心力衰竭者，肝功能不全和血细胞明显减少者禁用此类药物。
2、糖皮质激素：如醋酸泼尼松龙等糖皮质激素，目的主要在于迅速控制炎症。病情轻则局部用药，病情重则全身用药。大剂量使用糖皮质激素者不宜怀孕。孕妇慎用糖皮质激素。
3、散瞳药：如后马托品等，散瞳药以防止虹膜后粘连，避免造成对晶状体厚度调节功能下降导致瞳孔大小发生变化。
