胃肠外科和胃肠内科的区别在于治疗疾病不同、治疗方式不同。而且胃肠外科属于外科科室，胃肠内科属于内科科室，就诊的科室也不一样。

1、治疗疾病不同：胃肠外科主要治疗包括胃食管反流病、贲门失驰缓症、食管癌、食管良性肿瘤等食管疾病，还有胃泌素瘤、胃溃疡、胃癌、胃出血、胃糜烂等胃部疾病。除此之外，还有十二指肠溃疡、肠道间质瘤、肠扭转、肠套叠、肠梗阻、痔疮、阑尾炎、肛瘘、肛裂、疝气等疾病。如果是胃肠内科，则治疗消化不良、胃炎、食管炎、便秘、腹痛等疾病；

2、治疗方式不同：胃肠外科采用手术的方式进行治疗，常需要使用胃镜、肠镜等方式进行诊断和治疗。如果是胃肠内科，则采用药物治疗等非手术治疗方式。

除此之外，消化内科的其他疾病也可以在胃肠内科看，但是胃肠外科通常局限于胃肠道疾病。但两个科室不存在明显的界限，同一个问题可能两个科室皆可以就诊。