吞咽障碍的并发症包括误吸、吸入性肺炎、脱水、营养不良、心理和社会交往障碍。

1、误吸：由于气管和食管毗邻，固体食物、流质、口咽分泌物都可通过声门进入气道。大部分正常人会偶尔出现误吸的情况，但可通过咳嗽反射将其排出。吞咽障碍患者，由于吞咽生理机制受损，误吸比较常见和频繁，导致脱水、营养不良、肺部感染的发生率增高，同时进食愉悦的良好心理状态也会受影响，从而降低日常生活质量；

2、吸入性肺炎：固体或流质口咽分泌物急性或慢性误吸，及胃内容物反流都会导致吸入性肺炎。治疗吸入性肺炎的费用非常高，同时也会增加患者的住院天数，增加患者的致残率，导致患者在住院期间出现更差的营养状况。吸入性肺炎可导致严重后果，需引起高度重视；

3、脱水：脱水指身体组织内缺乏足够的水和电解质来维持健康。即使是正常人，入量不够都会导致脱水。对于神经损伤的患者，进食固体或流质易导致误吸，会给患者带来进食的恐惧感，减少进食量，导致脱水。反之，脱水也会影响吞咽功能。例如，口腔内缺乏足够的唾液时，咀嚼更困难，食物不容易形成食团，分离成散在的微粒，需要多次吞咽；

4、营养不良：卒中后吞咽障碍是营养不良的独立危险因素，卒中后伴发的吞咽障碍可以增加患者各种感染的发生率、卒中复发率和病死率，是导致卒中后不良结局的重要意义；吞咽障碍和营养不良关系密切，吞咽障碍明显影响患者的营养状况，营养不良又可通过神经肌肉功能障碍加重吞咽障碍；

5、心理和社会交往障碍：吞咽障碍会限制患者社会化的程度，导致患者日常生活方式发生剧烈改变。对于误吸呛咳的恐惧与伴随的不安感会导致患者沮丧与逐渐的社会孤立，进食不再令人愉悦，仅仅是获取营养的手段。进食时需要特殊准备提供帮助，特殊的膳食补充剂长期使用价格不菲，也会产生额外的经济负担。