引起慢性腹泻的原因有很多，主要是胃源性疾病、肠源性疾病、肝胆胰源性疾病、内分泌疾病、神经内分泌肿瘤及其他病因所致。

一、疾病因素

1、胃源性疾病：主要表现为腐败性消化不良，大便每日多次，多在晨起或餐后，常无肠绞痛，大便深褐色，带泡沫，糊状便多于水样便，具有刺鼻的恶臭，含有不消化食物。常见的疾病为慢性萎缩性胃炎、胃癌。

2、肠源性疾病：是引起腹泻最常见的原因，其中包括肠道感染性疾病，例如痢疾、肠结核、肠血吸虫病；肠道非感染性疾病，例如炎症性肠病、肠易激综合征、肠道菌群失调等；肠道肿瘤，例如大肠癌、胃肠道淋巴瘤。

3、肝胆胰源性疾病：慢性肝病或长期胆汁淤积性黄疸，可使胆汁形成减少或外流不畅，十二指肠内胆盐不足，脂肪不能充分被乳化，从而导致腹泻，如慢性肝炎、肝硬化、肝癌、慢性胆囊炎、胆汁酸吸收不良。也包括胰腺疾病如慢性胰腺炎、胰腺癌。

4、内分泌疾病：例如糖尿病，可损伤肠道植物神经引起腹泻。

5、神经内分泌肿瘤相关腹泻：胃泌素瘤、嗜铬细胞瘤、血管活性肠肽瘤。

二、非疾病因素

暴饮暴食，食用生冷、辛辣等刺激性食物，或受凉等非疾病因素，也可能引起慢性腹泻。另外，长期服用药物，如泻药，抗生素如林可霉素、克林霉素等，降压药，如利血平、胍乙啶等。这些药物，可使肠腔内渗透增加，影响水的吸收，肠内容积增大，使肠管扩张，肠蠕动加速，而发生腹泻。