子宫附件有巧克力囊肿，没有特别好的治疗方式，临床主要是采用一般治疗、药物治疗，以及手术治疗。

1、一般治疗：若巧克力囊肿比较小，且不伴有任何不适症状，可定时就医进行随访观察，平时保持生活规律，避免情绪过于激动。

2、药物治疗：子宫附件有巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种病变，若随访过程中发现比较大，则需要遵医嘱尽快用药治疗，常用的药物有口服避孕药，如屈螺酮炔雌醇片、甲羟孕酮片等，有助于控制病情发展。

3、手术治疗：若是囊肿逐渐增大，且伴有月经量多以及月经不规律等情况，还需要尽快遵医嘱手术切除治疗，比如单纯囊肿切除，以及子宫附件摘除，甚至子宫全切手术。

平时患者还要注意休息，避免干重体力劳动，并保持规律生活，避免熬夜，之后还要定时就医复查。