荧光原位杂交技术的方法以羊水穿刺过程为例，被检者需要配合医生进行以下操作：
1.孕妇取平卧位，应用超声核实胎儿的数目及其羊膜囊分隔情况，并对胎儿的胎位、羊水指数以及胎盘位于宫腔的位置等进行测量，对胎儿进行定位。在超声引导下定位穿刺点，应选取羊水量相对较多处，且尽量避开胎盘部位。
2.选好进针点后，穿刺医生会为孕妇消毒皮肤，在超声引导下，用带针芯的专用穿刺针在选好的点位快速进针，直达羊膜腔。这个过程中，孕妇尽量保持放松状态，不要太紧张，也不要随意晃动身体。
3.确定穿刺针已在羊膜腔内，医生以负压将羊水抽出，一般抽取羊水20毫升，分别装在2支消毒试管内，加盖，立即送实验室进行细胞培养。
4.拔出穿刺针，用无菌纱布覆盖针眼，孕妇或家属帮忙按压穿刺点2分钟即可。
