消化酶和益生菌的区别在于作用部位不同、功效不同、具体成分不同、适用人群不同，且制作为药物后的使用方法不同等。

1、作用部位不同：消化酶主要作用于胃部，而益生菌主要作用于肠道。

2、功效不同：消化酶能够促进消化，而益生菌能够调节肠道内的菌群平衡。

3、具体成分不同：消化酶含有蛋白酶与脂肪酶，而益生菌中包含双歧杆菌、乳杆菌等有益菌。

4、适用人群不同：消化酶主要用于由于消化酶缺乏导致消化不良的患者，而益生菌主要用于多种因素导致肠道内菌群失衡的患者。

5、使用方法不同：消化酶制作为药物后正常送服即可。益生菌制作成药物后，为保证活性，应注意口服时水温要低。

此外，在服用时间、作用机制等方面都有所差异，如果有上述两种物质的缺乏，建议及时到医院就诊明确，避免盲目使用而影响身体健康。