肛门直肠疼痛可根据病因采取手术治疗、药物治疗、物理治疗等，具体如下：
一、手术治疗
1、直肠癌：直肠癌手术治疗分为根治性手术和姑息性手术两类。根治性手术方式包括经腹会阴联合切除术、直肠前切除术，姑息性手术如一些不能耐受大型手术患者行经肛门直肠癌局部切除手术。术后再根据病理情况做放疗和化疗的治疗。
2、结肠癌：可行结肠癌根治术，彻底切除原发肿瘤，包括切除其所属淋巴结。
3、痔疮、肛裂、肛周脓肿：患者可能会表现出疼痛，便血，肛周有异物等症状出现，必要的时候可以选择手术根治疾病。
二、药物治疗
1、盐酸左氧氟沙星胶囊：是一种广谱抗菌药，对多数肠杆菌科细菌有较强的杀菌活性。可改善黏液便的情况。
2、蒙脱石散：是一种肠黏膜保护剂。覆盖在肠黏膜上形成保护层，具有平衡正常菌群和局部止痛作用，减轻腹泻症状。
3、痔疮膏：该药物是具有解毒消肿、破瘀止血，收敛止痛等功效，主要是用于缓解肛门疼痛，出血等症状。
三、物理治疗
针对肛门直肠疼痛，目前常用的物理疗法有超短波、微波等高频电疗，其作用可改善肛门直肠周围血液循环，促进炎症吸收。
四、针灸治疗
其机制在于改善胃肠道的微循环、消除炎性介质，减轻或消除胃肠道功能紊乱情况。
