荚膜和微荚膜具有相同的功能。其功能有抗吞噬作用、黏附作用、抗有害物质的损伤作用。

1、抗吞噬作用：荚膜具有保护细菌抵抗宿主吞噬细胞的吞噬和消化的作用，增强细菌的侵袭力，因而荚膜是病原菌的重要毒力因子。

荚膜多糖亲水和带负电荷，与吞噬细胞膜有静电排斥力故能阻滞表面吞噬活性。例如肺炎链球菌有荚膜株数个菌就可使实验小鼠致死，无荚膜株则需上亿个菌才能使小鼠死亡。

2、黏附作用：荚膜多糖可使细菌彼此粘连，可黏附于组织细胞或无生命物体表面，参与生物被膜的形成，是引起感染的重要因素。

变异链球菌依靠荚膜将其固定在牙齿表面，利用口腔中的蔗糖产生大量的乳酸，积聚在附着部位形成生物被膜，导致牙齿珐琅质的破坏，发生龋齿。有些具有荚膜细菌（例如铜绿假单胞菌）在住院病人的各种导管内黏附定居形成生物被膜，是医院内感染发生的重要因素。

3、抗有害物质的损伤作用：荚膜处于菌细胞的最外层，有保护菌体避免和减少受溶菌酶、补体、抗体和抗菌药物等有害物质的损伤作用。