外毒素是细菌合成并分泌（或释放）的毒性蛋白质。其主要特性为大多数外毒素的化学本质都是蛋白质、毒性作用强且对组织器官有高度选择性、绝大多数外毒素不耐热等。

1、大多数外毒素的化学本质都是蛋白质：多数外毒素为A-B型分子结构即毒素分子由A和B两种亚单位构成。A亚单位是外毒素活性单位部分，决定其毒性效应。B亚单位是非毒性单位，但能与宿主靶细胞表面的特异受体结合，称为结合亚单位。

它的作用是介导A亚单位进入靶细胞内。A或B亚单位独立存在时对宿主细胞无致病作用，因此外毒素分子结构的完整性是致病的必要条件。

2、毒性作用强且对组织器官有高度选择性：如肉毒梭菌外毒素毒性比氰化钾强1万倍，是目前已知的最剧毒物，1mg毒素纯品能杀死2亿只小鼠。许多外毒素对组织器官有选择性，通过与特定靶细胞的受体结合后引起特殊的病变

3、绝大多数外毒素不耐热：例如白喉外毒素在58-60℃经1-2小时处理、破伤风外毒素在60℃经20分钟处理即可被破坏。但葡萄球菌肠毒素则例外，能耐受100℃30分钟处理。

4、抗原性强：外毒素是蛋白质，故有很强的抗原性。A-B结构分子中的B亚单位是保护性抗原而无毒性，适合于研制疫苗。用人工化学方法可去除A亚单位的毒性，但保留其抗原性。